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在2000年设立通识课程类别之后，北京大学于2001年开始元培计划的探索，2007年成立元培学院。

在改革和研究过程中，北大逐步认识到元培学院是一所住宿学院，或者说书院。所谓住宿书院，英文为Residential College，又可译为住宿学院。这个书院有学生学籍，因而学生可以在全校范围内自由选择专业和课程，但学籍一直属于元培学院。学生毕业也是元培学院的直接校友。

北京大学在元培计划小规模探索的同时，于2002年开始大类招生和培养工作，也就是将一个学院的专业合在一次招生，学生在之后的学习进程中在学院内部相对自由的选择专业。

2007年元培学院成立后，在逐步转变为住宿学院的同时，元培开始了跨学科专业建设，率先建成“古生物”专业、“政治学、经济学和哲学”专业、“外国语言与外国历史”专业等，因而将住宿学院在跨学科专业建设方面的潜力初步展示出来。

2015年2月林建华校长返回北大后，经过反复权衡和研讨，最终选择的改革路径不是扩大元培模式规模，而是尝试放开学部内本科生任意选择专业。2017年5月将开始的转专业规则如下：

1. 学生提交申请。拟申请转院（系）转专业的学生需在“北京大学学生综合信息管理系统”学生业务中填写相关申请表并打印，在院系规定时间内交到拟转入院系，参加转入院系组织的转专业审核和考查。

2. 接收院系组织审核或考查。接收院系需成立转院（系）转专业工作小组，依据已公布的学术要求，对申请转入学生进行审核或考查，并确定拟接收学生名单。

   相比之前的转专业规则，以上制度的核心特色为：第一，理论上没有了转专业名额限制；第二，学生申请转专业不需要转出院系批准，这从学生入学角度淡化或者彻底去除了学生的院系身份归属和束缚，这一点与本科生院的本质相接近。

   但从学生发展角度看，北大方案仍然存在三方面逻辑缺陷，从而意味着进步的有限性。

   ①一个阿拉伯语专业的学生如果想学化学专业或者地质专业，阿拉伯语的老师无法给该生提供咨询和帮助，也不愿意提供帮助。